tutorial app lite

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.19.11%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20micropip%0A%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22scicomap%3E%3D1.1.0%22)%0A%20%20%20%20wasm_deps_ready%20%3D%20True%0A%20%20%20%20return%20(wasm_deps_ready%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(wasm_deps_ready)%3A%0A%20%20%20%20_%20%3D%20wasm_deps_ready%0A%0A%20%20%20%20COLORMAP_FAMILIES%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sequential%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22diverging%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22multi-sequential%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22circular%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22miscellaneous%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22qualitative%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20build_cmap_options(sci_co_map_cls%2C%20ctype)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap_names%20%3D%20sorted(sci_co_map_cls(ctype%3Dctype).get_color_map_names())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20default_cmap%20%3D%20cmap_names%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ctype%20%3D%3D%20%22sequential%22%20and%20%22thermal%22%20in%20cmap_names%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20default_cmap%20%3D%20%22thermal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20cmap_names%2C%20default_cmap%0A%0A%20%20%20%20def%20compute_diagnostics(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20jpapbp%2C%20classify_fn%2C%20extrema_fn%2C%20include_reasons%3DFalse%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20j_values%20%3D%20jpapbp%5B%3A%2C%200%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_monotonic%20%3D%20bool(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(j_values%5B1%3A%5D%20%3E%3D%20j_values%5B%3A-1%5D).all()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20(j_values%5B1%3A%5D%20%3C%3D%20j_values%5B%3A-1%5D).all()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap_class%20%3D%20classify_fn(jpapbp)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_extrema%20%3D%20int(len(extrema_fn(j_values)))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20status%20%3D%20%22good%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reasons%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20is_monotonic%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20status%20%3D%20%22fix-recommended%22%20if%20include_reasons%20else%20%22caution%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reasons.append(%22Lightness%20is%20not%20monotonic.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20cmap_class%20in%20%7B%22asym_div%22%2C%20%22unknown%22%7D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20status%20%3D%20%22caution%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reasons.append(f%22Classification%20is%20'%7Bcmap_class%7D'.%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_extrema%20%3E%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20status%20%3D%3D%20%22good%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20status%20%3D%20%22caution%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reasons.append(%22Lightness%20has%20multiple%20extrema.%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20diagnostics%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22status%22%3A%20status%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22classification%22%3A%20cmap_class%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22monotonic_lightness%22%3A%20is_monotonic%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22extrema_count%22%3A%20n_extrema%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20include_reasons%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20diagnostics%5B%22reasons%22%5D%20%3D%20reasons%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20diagnostics%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20from%20scicomap.cmath%20import%20classify%0A%20%20%20%20from%20scicomap.cmath%20import%20extrema%0A%20%20%20%20from%20scicomap.cmath%20import%20get_ctab%0A%20%20%20%20from%20scicomap.cmath%20import%20transform%0A%20%20%20%20from%20scicomap.scicomap%20import%20SciCoMap%0A%20%20%20%20from%20scicomap.scicomap%20import%20plot_colorblind_vision%0A%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20COLORMAP_FAMILIES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SciCoMap%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20build_cmap_options%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20classify%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20compute_diagnostics%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20extrema%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20get_ctab%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_colorblind_vision%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20transform%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20scicomap%20interactive%20tutorial%0A%0A%20%20%20%20Perceptual%20uniformity%20is%20the%20idea%20that%20Euclidean%20distance%20between%20colors%20in%20color%20space%20should%20match%20human%20color%20perception%20distance%20judgements.%0A%0A%20%20%20%20**Data%20should%20speak%20for%20itself%2C%20not%20for%20the%20color%20map.**%0A%20%20%20%20Using%20the%20wrong%20gradient%20can%20lead%20to%20%22optical%20illusions%22%20where%20your%20data%20looks%20broken%20or%20banded%20when%20it%20is%20actually%20smooth.%0A%0A%20%20%20%20%7C%20Problem%20%7C%20Consequence%20%7C%20Example%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20---%20%7C%20---%20%7C%20---%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Uneven%20Gradients**%20%7C%20Creates%20%22false%20boundaries%22%20(artifacts).%20%7C%20The%20infamous%20**%60jet%60**%20map.%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Non-Linearity**%20%7C%20Distorts%20the%20perceived%20magnitude%20of%20data.%20%7C%20A%2010%25%20change%20looks%20like%2050%25%20in%20certain%20zones.%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Color-Vision%20Deficiency%20(CVD)**%20%7C%20Excludes%20**8%25%20of%20the%20male%20population**.%20%7C%20Red-Green%20maps%20that%20look%20identical%20to%20a%20color-blind%20user.%20%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Reading%20the%20color-space%20diagnostics%20(quick%20intuition)%0A%0A%20%20%20%20%3E%20These%20notes%20are%20intentionally%20simplified.%0A%20%20%20%20%3E%20They%20are%20**not**%20a%20full%20color-science%20treatment%3B%20they%20are%20here%20to%20help%20you%20interpret%20the%20charts.%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20How%20to%20Encode%20Information%20Correctly%0A%0A%20%20%20%20%7C%20Attribute%20%7C%20Role%20in%20Encoding%20%7C%20Rule%20of%20Thumb%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20---%20%7C%20---%20%7C%20---%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Lightness%20(%60J'%60)**%20%7C%20**The%20Scalar%20Value**%20%7C%20Must%20vary%20**linearly**%20with%20the%20data.%20If%20the%20data%20goes%20up%2C%20the%20brightness%20must%20follow%20smoothly.%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Hue%20(%60h'%60)**%20%7C%20**Appeal%20%26%20Clarity**%20%7C%20Ideal%20for%20making%20a%20map%20attractive.%20It%20can%20encode%20an%20extra%20variable%20if%20it%20changes%20at%20a%20constant%20rate.%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20**Chroma%20(%60C'%60)**%20%7C%20**Aesthetics%20Only**%20%7C%20**Do%20not%20use%20for%20data.**%20Humans%20struggle%20to%20distinguish%20subtle%20saturation%20changes%20accurately.%20%7C%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20The%20%22Scicomap%22%20Uniformization%20Process%0A%0A%20%20%20%20To%20%22fix%22%20a%20problematic%20color%20map%2C%20we%20follow%20a%20rigorous%20scientific%20recipe%3A%0A%0A%20%20%20%201.%20**Linearize%20Lightness%3A**%20We%20force%20%60J'%60%20into%20a%20straight%20line%20so%20that%20the%20visual%20weight%20matches%20the%20data%20points.%0A%20%20%20%202.%20**Lift%20the%20Floor%3A**%20we%20increase%20the%20minimum%20lightness%20to%20prevent%20data%20from%20disappearing%20into%20%22pure%20black%22%20shadows.%0A%20%20%20%203.%20**Smooth%20the%20Chroma%3A**%20We%20symmetrize%20the%20%60C'%60%20curve%20to%20remove%20%22kinks%22%20or%20sharp%20edges.%0A%20%20%20%204.%20**Remove%20Artifacts%3A**%20We%20avoid%20abrupt%20changes%20in%20the%20chroma%20trajectory%20to%20prevent%20the%20eye%20from%20seeing%20%22steps%22%20that%20don't%20exist%20in%20the%20data.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(COLORMAP_FAMILIES%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20ctype%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dlist(COLORMAP_FAMILIES)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22sequential%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Colormap%20family%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(ctype%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(SciCoMap%2C%20build_cmap_options%2C%20ctype%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20cmap_names%2C%20default_cmap%20%3D%20build_cmap_options(SciCoMap%2C%20ctype.value)%0A%20%20%20%20cmap%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dcmap_names%2C%20value%3Ddefault_cmap%2C%20label%3D%22Colormap%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(cmap%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20n_colors%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%2016%2C%20256%2C%20value%3D128%2C%20step%3D16%2C%20label%3D%22CVD%20color%20bins%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(n_colors%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cmap%2C%20ctype%2C%20mo%2C%20n_colors)%3A%0A%20%20%20%20controls%20%3D%20mo.hstack(%5Bctype%2C%20cmap%2C%20n_colors%5D%2C%20gap%3D1.0%2C%20align%3D%22center%22)%0A%20%20%20%20controls%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20SciCoMap%2C%0A%20%20%20%20classify%2C%0A%20%20%20%20cmap%2C%0A%20%20%20%20compute_diagnostics%2C%0A%20%20%20%20ctype%2C%0A%20%20%20%20extrema%2C%0A%20%20%20%20get_ctab%2C%0A%20%20%20%20transform%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20cmap_obj%20%3D%20SciCoMap.get_color_map_dic()%5Bctype.value%5D%5Bcmap.value%5D%0A%20%20%20%20ctab%20%3D%20get_ctab(cmap_obj)%0A%20%20%20%20jpapbp%20%3D%20transform(ctab)%0A%20%20%20%20diagnostics%20%3D%20compute_diagnostics(jpapbp%2C%20classify%2C%20extrema)%0A%20%20%20%20return%20(diagnostics%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cmap%2C%20ctype%2C%20diagnostics%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20diag_md%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Diagnostics%0A%0A%20%20%20%20-%20**Status%3A**%20%60%7Bdiagnostics%5B%22status%22%5D%7D%60%0A%20%20%20%20-%20**Class%3A**%20%60%7Bdiagnostics%5B%22classification%22%5D%7D%60%0A%20%20%20%20-%20**Monotonic%20lightness%3A**%20%60%7Bdiagnostics%5B%22monotonic_lightness%22%5D%7D%60%0A%20%20%20%20-%20**Extrema%20count%3A**%20%60%7Bdiagnostics%5B%22extrema_count%22%5D%7D%60%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20scicomap%20check%20%7Bcmap.value%7D%20--type%20%7Bctype.value%7D%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(diag_md%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(SciCoMap%2C%20cmap%2C%20ctype)%3A%0A%20%20%20%20fig_preview%20%3D%20SciCoMap(ctype%3Dctype.value%2C%20cmap%3Dcmap.value).assess_cmap(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20figsize%3D(14%2C%205.5)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(fig_preview%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cmap%2C%20ctype%2C%20n_colors%2C%20plot_colorblind_vision)%3A%0A%20%20%20%20fig_cvd%20%3D%20plot_colorblind_vision(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ctype%3Dctype.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap_list%3D%5Bcmap.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_colors%3Dint(n_colors.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facecolor%3D%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20uniformize%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20symmetrize%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(fig_cvd%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cmap%2C%20ctype%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20cli_md%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Equivalent%20CLI%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20scicomap%20check%20%7Bcmap.value%7D%20--type%20%7Bctype.value%7D%0A%20%20%20%20scicomap%20cvd%20%7Bcmap.value%7D%20--type%20%7Bctype.value%7D%20--n-colors%20128%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(cli_md%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cli_md%2C%20diag_md%2C%20fig_cvd%2C%20fig_preview%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20tabs%20%3D%20mo.ui.tabs(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Diagnostics%22%3A%20diag_md%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Color-vision%20deficiency%22%3A%20fig_cvd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Equivalent%20CLI%22%3A%20cli_md%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.md(%22%23%23%20Preview%22)%2C%20fig_preview%2C%20mo.md(%22%23%23%20Explore%20more%22)%2C%20tabs%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D0.75%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A